Puna e Komisionit Rregullator financohet nga burimet vetjake të mjeteve të siguruara përmes arkëtimit të kompensimit nga të ardhurat e përgjithshme të shoqërive të cilat kryejnë veprimtari energjetike dhe nga arkëtimi i licencave të lëshuara. Komisioni Rregullator e ka për detyrë më së voni deri në 31 tetor të vitit rrjedhës, pranë Kuvendit të Republikës së Maqedonisë të paraqes për miratim Propozim–Plan financiar të Komisionit Rregullator për vitin e ardhshëm, në të cilin janë përfshirë të gjitha të ardhurat dhe shpenzimet e Komisionit Rregullator, duke i përfshirë edhe pagat e anëtarëve të Komisionit Rregullator dhe të të punësuarve, si dhe kompensimin për anëtarët e Komisionit për ankesa dhe për zëvendësit e tyre.

Në kuadër të Propozim-Planit financiar dhe në bazë të të ardhurave të planifikuara për vitin rrjedhës të shoqërive të cilat kryejnë veprimtari energjetike, Komisioni Rregullator e përcakton kompensimin për vitin e ardhshëm përmes përcaktimit të përqindjes së njëjtë të përfshirjes nga të ardhurat e realizuara të përgjithshme të shoqërive, për të cilën pëlqim jep Kuvendi i Republikës së Maqedonisë së Veriut dhe e cila nuk mund të jetë më shumë se 0,1 % nga të ardhurat e përgjithshme të shoqërive.

Kompensimin konform përqindjes së përcaktuar dhe të ardhurave të realizuara në vitin paraprak, shoqëria e cila kryen veprimtari energjetike e paguan në llogarinë e Komisionit Rregullator në dy pjesë të barabarta edhe atë pjesën e parë më së voni deri më 30 maj, ndërsa pjesën e dytë më së voni deri më 30 shtator të vitit rrjedhës. Mjetet e pashfrytëzuara të Komisionit Rregullator nga viti paraprak barten për shfrytëzim në vitin e ardhshëm dhe proporcionalisht me këtë zvogëlohet kompensimi.