Регулаторната комисија за енергетика е составена од 1 претседател и 6 членови на комисија кои се избрани функционери од страна на Собранието на Република Северна Македонија и Служба за вршење на стручни и административни работи. Внатрешната организација и систематизација на работните места и задачи е утврдена со посебни правилници од страна на Регулаторната комисија. Во Правилникот за внатрешната организација и Правилникот за систематизација на работните места и задачи на Регулаторната комисија се утврдени организационите единици, повремени и постојани работни  групи, како и вкупниот број на извршители по сектори и одделенија. На тој начин, организирањето на вршењето на стручните и административно-техничките работи во Регулаторна комисија се организираат во:

• сектори и одделенија како постојани организациони единици и 
• повремени работни групи за извршување на пооделни специфични работи и задачи од надлежност на Регулаторна комисија што бараат мултисекторски пристап.

Според Правилникот за внатрешна организација, Организациони единици за вршење на стручните работи за потребите на Регулаторна комисија се: 

• сектор за електрична енергија,
• сектор за природен гас, течни горива и топлинска енергија,
• сектор за водни услуги,
• економски сектор;
• правен сектор;
• сектор за мониторинг, истраги и прекршоци;
• сектор за човечки ресурси, логистика, финансиски и општи работи и
• сектор за информатичка технологија и статистика.

Со работата на одделните сектори, раководи раководител на сектор, а со работата на службата раководи раководител на служба.  Ракводителот на секторот односно раководителот на службата се грижи за организирање и извршување на работите во секторот односно службата и за својата работа е одговорен пред Регулаторна комисија.

Во внатрешната организација на Регулаторната комисија за енергетика се предвидени следните работни места кои не се во состав на секторите (организациски единици), а се непосредно поврзани со работата на претседателот и членовите на Регулаторната комисија за енергетика:
1. Советник за правни работи на претседателот и членовите на Регулаторната комисија за енергетика;
2. Советник за економски работи на претседателот и членовите на Регулаторната комисија за енергетика;
3. Советник за електрична енергија на претседателот и членовите на Регулаторната комисија за енергетика;
4. Советник за природен гас, течни горива и топлинска енергија на претседателот и членовите на Регулаторната комисија за енергетика;
5. Советник за административни работи и финансии на претседателот и членовите на Регулаторната комисија за енергетика и
6. Внатрешен ревизор.

СЕКТОР ЗА ЕЛЕКТРИЧНА ЕНЕРГИЈА

Секторот за електрична енергија за потребите на Регулаторната комисија за енергетика ги врши следните работи:

• го следи функционирањето на пазарот на електрична енергија;
• се грижи за унапредување на заштитата на правата на корисниците на електрична енергија;
• учествува во изготвување на прописи, одлуки за цени и издавање на лиценци од областа на електрична енергија;
• го следи исполнувањето на обврските по издадените лиценци од областа на електрична енергија;
• учествува  и дава предлози во разрешувањето на настанати спорови помегу давателите на услугите и корисниците од областа на  електрична енергија;
• соработува со надлежни државни органи, органи на единици на локална самоуправа, трговски друштва вршители на енергетски дејности и корисниците на услугите од областа на електрична енергија и
• учествува во соодветни работни групи кои припаѓаат на регионални и меѓународни организации.

СЕКТОР ЗА ПРИРОДЕН ГАС, ТЕЧНИ ГОРИВА И ТОПЛИНСКА ЕНЕРГИЈА

Секторот за природен гас, течни горива и топлинска енергија за потребите на Регулаторната комисија за енергетика ги врши следните работи:

• го следи функционирањето на пазарот на природен гас, течни горива и топлинска енергија;
• се грижи за унапредување на заштитата на правата на корисниците на природен гас, течни горива и топлинска енергија;
• учествува во изготвување на прописи, одлуки за цени и издавање на лиценци од областа на природен гас, течни горива, и топлинска енергија;
• го следи исполнувањето на обврските по издадените лиценци од областа на природен гас, течни горива и топлинска енергија;
• учествува  и дава предлози во разрешувањето на настанати спорови помегу давателите на услугите и корисниците од областа на  природен гас, течни горива и топлинска енергија;
• соработува со надлежни државни органи, органи на единици на локална самоуправа, трговски друштва вршители на енергетски дејности и корисниците на услугите од областа на природен гас, течни горива и топлинска енергија и
• учествува во соодветни работни групи кои припаѓаат на регионални и меѓународни организации.

ЕКОНОМСКИ СЕКТОР

Економски сектор за потребите на Регулаторната комисија за енергетика ги врши следните работи:

• ги следи состојбите на енергетските пазари на ниво на Република Северна Македонија и на меѓународно ниво;
• врши анализа на економските состојби во енергетските дејности;
• ја проучува финансиската состојба на енергетските субјекти;
• учествува во изготвување и одобрување на прописи и правила;
• учествува во изготвување на одлуки за тарифи, цени и издавање на лиценци;
• ја следи состојбата со движењето на цените на енергиите, примената на методологиите и тарифните системи за формирање на тарифи и цени на одделни видови енергија;
• се грижи за заштита и унапредување на правата на потрошувачите на енергија и енергенти и корисниците на енергетските системи;
• предлага мерки за поттикнување на конкуренцијата во енергетските пазари;
• ги анализира барањата за промени на тарифи и цени доставени од одделни енергетски субјекти;
• соработува со надлежни државни органи, органи на единици на локална самоуправа, вршителите на енергетски дејности, корисниците на енергија и други организации и институции;
• учествува во соодветни работни групи кои припаѓаат на регионални и меѓународни организации и асоцијации; и 
• врши и други работи за потребите на Регулаторната комисија за енергетика.

ПРАВЕН СЕКТОР 

Правен сектор за потребите на Регулаторната комисија за енергетика ги врши следните работи:

• подготовка на сите прописи и други општи и посебни правни акти кои што ги донесува Регулаторната комисија;
• изготвува правни мислења за потребите на Регулаторната комисија;
• го следи законодавството на Република Северна Македонија и ЕУ и ја известува Регулаторната комисија за потребата од изготвување на нови прописи во согласност со промените во законодавството и укажува на Регулаторна комисија за потребата од иницирање на постапка за промена на постојното законодавство на Република Северна Македонија;
• учествува во разрешување на спорови;
• иницира и учествува во постапката за заштита и унапредување на правата на корисниците на енергијата и
• врши и други работи за потребите на Регулаторната комисија.

СЕКТОР ЗА МОНИТОРИНГ, ИСТРАГИ И ПРЕКРШОЦИ

Секторот за мониторинг, истраги и прекршоци за потребите на Регулаторната комисија за енергетика ги врши следните работи:

• го следи функционирањето на енергетските пазари;
• го следи остварувањето на законски утврдените обврски на вршителите на регулираните енергетски дејности што се однесуваат на обезбедување на сигурност во снабдувањето со електрична енергија, природен гас и топлинска енергија;
• го следи исполнувањето на основните начела на недискриминираност, транспарентност и објективност во функционирањето на енергетските пазари;
• ја следи заштитата на правата на корисниците на енергија; 
• го следи квалитетот на услугите на носителите на лиценци;
• го следи исполнувањето на обврските по издадените лиценци; 
• предлага отпочнување на постапка за одземање и суспендирање на лиценци;
• соработува со надлежни државни органи, органи на единици на локална самоуправа, вршителите на енергетски дејности, корисниците на енергија и други организации и институции;
• учествува во соодветни работни групи кои припаѓаат на регионални и меѓународни организации и асоцијации.

СЕКТОР ЗА ВОДНИ УСЛУГИ

Секторот за водни услуги е надлежен за вршење на следните работи и работни задачи:

• го следи функционирањето на водните услуги; − се грижи за унапредување и заштита на правата на корисниците на водните услуги; − учествува во подготовката на прописите и правилата кои се однесуваат на тарифите и цените на водните услуги;
• учествува во спроведувањето на постапката за утврдување на тарифите за водни услуги и регулаторна тарифа;
• ги оценува барањата за утврдување на тарифите за водните услуги и усогласеноста со бизнис планот на давателот на водните услуги;
• учествува во подготовка на предлог тарифите за водните услуги;
• учествува во подготовка на решенијата за тарифите за водните услуги и регулаторните тарифи;
• го следи исполнувањето на обврските од решенијата за утврдување на тарифите за водните услуги и регулаторните тарифи.
   

СЕКТОР ЗА ЧОВЕЧКИ РЕСУРСИ, ЛОГИСТИКА, ФИНАНСИСКИ И ОПШТИ РАБОТИ

Секторот за човечки ресурси, логистика, финансиски и општи работи, е надлежен за вршење на следните работи и работни задачи:

• учествува во подготовка на правилници, одлуки, заклучоци, упатства и други општи и посебни правни акти кои ги донесува Регулаторната комисија за енергетика;
• обезбедува стручно-оперативна и логистичка поддршка на претседателот и членовите на Регулаторната комисија за енергетика;
• подготовка на официјални средби и настани на претседателот и членовите на Регулаторната комисија за енергетика и информирање на јавноста за активностите на Регулаторната комисија за енергетика;
• организира и спроведува постапка за засновање на работен однос;
• учествува во управувањето со човечките ресурси и води кадровска евиденција;
• изготвува план за годишен одмор и води евиденција за годишни одмори на вработените;
• спроведува прописи од областа на безбедност и здравје при работа на вработените;
• одговорен е за спроведување на законските обврските за заштита на лични податоци;
• подготовува правилници, заклучоци, одлуки и упатства за канцелариско и архивско работење;
• го организира архивското работење (прием на поднесоци, евиденција, нивно класифицирање и распоредување по организациони единици, архивирање на предметите, експедиција на донесените акти до субјектите на кои се однесуваат);
• организира попис и отпис на архивската граѓа.
   

СЕКТОРОТ ЗА ИНФОРМАТИЧКА ТЕХНОЛОГИЈА И СТАТИСТИКА

Секторот за информатичка технологија и статистика е надлежен за вршење на следните работи и работни задачи:

• воспоставува и го одржува информатичкиот систем, се грижи за одржување и унапредување на софтверот, техничка поддршка на сите корисници на системот, развој и одржување на базата на податоци и изработка и одржување на вебстраната на Регулаторната комисија за енергетика;
• обезбедува ИТ поддршка во работењето на Регулаторна комисија за енергетика; − решава комплексни проблеми кои се однесуваат на хардверот и софтверот на Регулaторна комсија за енергетика, дизајнира и имплементира апликативни софтверски решенија кои служат за потребите на комисијата;
• го организира одржувањето на локаланта мрежа LAN;
• се грижи за чување на документи кој се во електронска форма согласно законските прописи и внатрешните процедури на начин што обезбедува лесно ракување со истите;
• учествува во подготовка на политики за сигурност на информациите со кои располага Регулаторна комисија за енергетика.

Постојани и повремени работни групи

Во рамките на извршувањето на работите од делокругот на надлежностите на Регулаторната комисија се основаат постојани и повремени работни групи. Постојани работни групи се основаат за вршење на работи кои се однесуваат на:

• Издавање на лиценци и следење на извршувањето на лиценците;
• Цени и тарифи, како и
• Учество во разрешување на спорови и предлагање на мерки за разрешување на споровите.

Повремени работни групи се основаат за вршење на работи од повремен карактер, а се однесуваат на:

• Изготвување на прописи и правила од надлежност на Регулаторната комисија
• Давање на мислење за одделни пршања 
• Извршување на работи кои произлегуваат од меѓународните обврски
• Изготвување на предлози за постапување по одделни специфични прашања од надлежност  на Регулаторната комисија.

Основањето на работните групи се врши со Решение на Регулаторната комисијата со кое се определуваат задачите и обемот на работата, составот и нејзиниот раководител. Со работата на работните групи раководи раководител кој е назначен од страна на Регулаторната комисија. За Раководител на повремените работни групи се определува еден од раководителите на секторите согласно сродноста на специфичната задача со работите кои се вршат во соодветниот сектор. За раководители на постојаните работни групи, по правило, се определува еден од раководителите на секторите, во зависност од задачата заради која е основана работната група и тоа:

• Издавање на лиценци и следење на извршувањето на лиценците - раководителот на секторот за технични и енергетски работи;
• Цени и тарифи - раководителот на секторот за економски работи; и 
• Учество во разрешување на спорови и предлагање на мерки за разрешување на споровите - раководителот на секторот за правни работи.

Исто така, во составот на постојаните и повремените работни групи соодветно се назначуваат и извршители од пооделни сектори на Регулаторната комисија.