Работењето и донесувањето на одлуки на Регулаторната комисија е уредено со законот за енергетика и новиот деловник за работа кој што комисијата го донесе на 30.03.2020 година. Согласно овие акти, Претседателот на Регулаторната комисија, раководи со Седниците на Регулаторната комисија и ја организира и раководи со стручната служба за вршење на административните и стручните работи на Регулаторната комисија. Во случај на отсуство или спреченост на Претседателот на Регулаторната комисија, претседателот за време на неговото отсуство или спреченост го заменува член на комисијата што тој го назначува. Седниците на Регулаторната комисија се јавни, освен во случаите кога се изнесуваат доверливи информации и деловни тајни. Регулаторната комисија донесува одлуки со мнозинство на гласови од вкупниот број на членови.

Одлуките на Регулаторната комисија се објавуваат во „Службен весник на Република Северна Македонија".