Работењето на Регулаторната комисија за енергетика и водни услуги се финансира од сопствени извори на средства обезбедени преку наплата на надомест од вкупниот приход на друштвата што вршат енергетска дејност и од наплата за издадените лиценци. Регулаторната комисија за енергетика и водни услуги е должна најдоцна до 31 октомври од тековната година, до Собранието на Република Северна Македонија да поднесе предлог на финансиски план на Регулаторната комисија за енергетика и водни услуги за наредната година за усвојување, во кој се содржани сите приходи и трошоци на Регулаторната комисија за енергетика и водни услуги, вклучувајќи ги и платите на членовите на Регулаторната комисија за енергетика и водни услуги и на вработените, како и надомест за членовите на Комисијата за жалби и нивните заменици.

Во рамките на предлогот на финансискиот план, а врз основа на планираните приходи за тековната година на друштвата кои вршат енергетска дејност, Регулаторната комисија за енергетика и водни услуги го утврдува надоместокот за наредната година преку определување на ист процент на зафаќање од остварениот вкупен приход на друштвата, на кој дава согласност Собранието на Република Северна Македонија и кој не може да изнесува повеќе од 0,1% од вкупниот приход на друштвата.

Надоместокот согласно со утврдениот  процент и остварениот приход во претходната година, друштвото кое врши енергетска дејност го уплатува на сметка на Регулаторната комисија за енергетика и водни услгуи во два подеднакви дела и тоа првиот дел најдоцна до 30 мај, а вториот дел најдоцна до 30 септември во тековната година. Неискористените средства на Регулаторната комисија за енергетика и водни услуги од претходната година се пренесуваат за користење во наредната година и соодветно на тоа се намалува надоместот.